立法院司委會召委呂學樟赴中研院考察，中研院院長翁啟惠表示，呼應呂學樟認為中研院社會科學相關所應對國家政策如憲政體制改善提出建議，他將邀集相關所談憲政體制研究可行性。「過去中研院政策研究都不碰政治議題，現在若各界期待，我們會好好思考。」
翁啟惠表示，中研院組織法年初修改通過，呂學樟貢獻非常大，呂學樟對中研院組改考察評價滿正面，但也期待社會科學相關所對國家發展更有政策貢獻，對此他滿有同感。
翁啟惠說，中研院歷年來對高等教育、發展能源等國家政策都有諸多建議，即將提出的稅改建議，張忠謀看了都說寫得滿好。中研院在組織架構直屬總統府，應可提供總統建議，「不論現任的馬總統或上任的陳總統，都非常尊重學術自由，是我國的福氣；中研院能力所及，應盡量幫忙。」
呂學樟批評總統馬英九赴中研院演講時，竟有人嗆聲，很不得體。翁啟惠說，當時他也很難過，因為演講前晚他曾跟以中研院人士為主的自由學社達成協議，「警察不進中研院，自由學社就不抗議」。但翌日自由學社發現警察穿便衣來，認為翁啟惠不守信用，再加上民間團體在外呼口號，自由學社才呼口號。
翁啟惠說，身為院長，他很難為，一方面考量中研院隸屬總統府，雖是學術單位，但受公務員服務法規範，要對總統有起碼的尊重，也得對外界負起社會責任；另一方面要從學術角度尊重研究員不同意見，做到言論自由。不過研究員也應理解自己和一般教授不同，都受公務員服務法規範，發言須更謹慎。
呂學樟屢次批評法律所副研究員黃國昌，翁啟惠說，黃國昌其實是為國家好，只是言論比較激切。他指出，黃國昌參加學運活動都有跟中研院請假，研究也做得非常好，必須是加倍用功，才有辦法這樣。
黃國昌則在臉書嗆呂學樟「中研院是總統幕僚」一席話，指出即使是蔣公，當年都不至於對胡適院長說出這樣的話，「我完全無法理解一個人無知的底限在哪裡？」呂學樟指中研院社會科學研究領域看不出績效，更是對許多同仁的莫大侮辱。
黃國昌指出，當初他自願從副教授降轉為助研究員進入中研院，是為了追求更高的學術表現，從沒將自己界定為「總統幕僚」；他相信絕大多數同仁也不是這樣看待自己的研究工作。「個人的研究表現，學術界自有評價，即使被逼離開中研院，台灣社會也一定還有我可以容身、可以繼續努力的地方。」
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